A Conferência Episcopal Portuguesa (CEP) não é o mesmo que a Igreja em Portugal. É, sim, uma das suas estruturas.

A Conferência Episcopal Portuguesa não é o conjunto das Dioceses portuguesas, mas, sim, dos bispos das dioceses de Portugal, que, para melhor exercerem as suas funções pastorais, põem em comum preocupações e experiências, acertam critérios de acção e coordenam esforços.
Diz o Código do Direito Canónico (cânone 447):
“A Conferência Episcopal, instituição permanente, é o agrupamento dos bispos de uma nação ou determinado território, que exercem em conjunto certas funções pastorais a favor dos fiéis do seu território, a fim de promoverem o maior bem que a Igreja oferece aos homens, sobretudo por formas e métodos de apostolado convenientemente ajustados às circunstâncias do tempo e do lugar, nos termos do direito”.
A CEP é das Conferências mais antigas, actuando regularmente como tal desde os anos 30. Porém, só em 1967 teve os primeiros Estatutos, aprovados pela Assembleia Plenária dos Bispos a 16 de Maio e ratificados pelo Papa Paulo VI a 16 de Julho. Desde então, os Estatutos da CEP foram revistos em 1975, em 1984 (para ajustamento ao novo Código do Direito Canónico de 1983), tendo sido introduzidas algumas alterações em 1993, em 1998, em 1999 (aditamentos) e em 2005.
São membros da CEP: os bispos diocesanos incluindo o Bispo das Forças Armadas e de Segurança (em número de 21); os bispos coadjutores e auxiliares; os bispos titulares que em Portugal exerçam especiais funções por designação da Santa Sé. Os bispos eméritos são membros da CEP sem obrigação de tomar parte nos trabalhos da Assembleia.
Têm na CEP o estatuto de convidados, quando participam nas reuniões, os bispos eméritos de outras conferências episcopais, que tenham residência permanente em Portugal.
O órgão supremo da Conferência é a Assembleia Plenária. Reúne ordinariamente duas vezes por ano, em Abril e Novembro. Com frequência tem uma reunião extraordinária por altura do retiro dos Bispos, em Fevereiro. Os bispos reúnem-se ainda, em Junho, nas Jornadas de Reflexão Pastoral.
A Conferência Episcopal Portuguesa tem um presidente, um vice-presidente e um secretário, cujos mandatos não podem ser exercidos consecutivamente além de dois triénios.
O presidente, vice-presidente e secretário com mais quatro bispos eleitos pela Assembleia Plenária constituem o Conselho Permanente, órgão delegado da Assembleia com funções de preparar os seus trabalhos e dar seguimento às suas resoluções. Reúne ordinariamente todos os meses e pode resolver casos urgentes que se ponham no intervalo das reuniões da Assembleia.
A Conferência Episcopal Portuguesa tem ainda como órgãos as Comissões Episcopais para sectores específicos da actividade pastoral, o Secretariado Geral, com funções práticas de expediente, administração e coordenação pastoral e, finalmente, os Secretariados Nacionais, de índole técnica e executiva para determinados sectores, sob a dependência duma Comissão Episcopal.
A CEP tem ainda alguns Delegados Episcopais, que asseguram a sua representação permanente junto do Conselho das Conferências Episcopais da Europa (CCEE), da Comissão dos Episcopados da União Europeia (COMECE) e dos Institutos de Vida Consagrada.
Uma das funções mais importantes da Conferência Episcopal Portuguesa é a do magistério colegial sob a forma de cartas e notas pastorais de esclarecimento doutrinário ou de exortação pastoral, quase sempre a propósito de acontecimentos que apelam ao pronunciamento do Episcopado.
Raramente a Conferência Episcopal legisla com obrigação de acatamento em todas as dioceses. Para isso, além da aprovação em Assembleia Plenária ao menos por dois terços dos membros de pleno direito, exige-se a confirmação da Santa Sé e a promulgação segundo o direito. Na maioria dos casos, os bispos assumem as resoluções tomadas, tendo em conta as vantagens da unidade de prática pastoral, podendo mesmo promulgá-las nas respectivas dioceses.

“A CEP é a entidade representativa da Igreja em Portugal” (Art. 1.°, n.° 2 dos Estatutos)